Vince, meritatamente, il suo primo GP del 2005, Loris Capirossi, con una Ducati tornata finalmente velocissima. Ducati GP5 che già gli aveva permesso di dominare le prove, conquistando con autorità la pole position. Partito bene dalla pole position, Capirossi viene ben presto scavalcato da Marco Melandri (Honda), che riesce a conquistare un certo margine iniziale.

A questo link potrete visionare l' ordine d'arrivo di Motegi.

Poi, quando la rimonta di Capirex, in gran forma e con una Ducati finalmente in grado di esprimersi ai livelli migliori, Melandri inizia a soffrire la pressione, finendo sulle sterrato e perdendo ben due posizioni, superato sia da Capirossi, sia da Biaggi (Honda HRC). Ma è a questo punto che accade il fattaccio della gara: Melandri, rientrato in pista in terza posizione, è raggiunto da Valentino Rossi (Yamaha) a sua volta pressato da vicino da Makoto Tamada. Valentino tenta immediatamente il sorpasso su Melandri, per non dover subire a sua volta l'assalto di Tamada, ma la ruota anteriore della sua Yamaha si scontra violentemente con quella posteriore della Honda di Melandri ed i due finiscono rovinosamente a terra, con Melandri dolorante e Valentino davvero dispiaciuto per l'errore commesso.
Davanti, Biaggi tenta d'avvicinarsi a Capirossi, il quale però capisce ben presto che questa è la sua giornata, con una Ducati finalmente assecondata dalle gomme giapponesi Bridgestone, che tanti problemi hanno dato sinora alla Casa di Borgo Panigale, ma che oggi, sul tracciato giapponese di Motegi, sono davvero in stato di grazia. Forzando ancora il ritmo, Capirossi inizia gradatamente ad aumentare il vantaggio su Biaggi, il quale si rende così conto che oggi, la Ducati è davvero imprendibile anche per la sua Honda ufficiale. Finiscono così nell'ordine sul podio: 1° Loris Capirossi con una Ducati finalmente in formato "maxi", 2° Max Biaggi, che finalmente riesce a portare un risultato concreto alla Honda HRC, 3° un formidabile Makoto Tamada, in stato di grazia con la sua Honda non ufficiale, sulla pista di casa, dove proprio lo scorso anno aveva ottenuto un'incredibile vittoria.