Loris Capirossi (Ducati Marlboro) con un tempo di 2´01.731 si è aggiudicato la pole position sul circuito di Sepang per il Marlboro Malaysian Motorcycle Grand Prix. Capirossi e Gibernau sono i soli piloti ad essere scesi sotto il tempo di 2´02. Il terzo tempo, fatto segnare da John Hopkins (Suzuki MotoGP) è infatti a quasi 3 decimi dal miglior tempo del pilota italiano.



Quarto tempo per Shinya Nakano (Kawasaki Racing), seguito dall´altra Suzuki MotoGP, quella condotta da Kenny Roberts Jr. Con il sesto tempo c´è lo statunitense Nicky Hayden (Repsol Honda), seguito dal settimo tempo di Valentino Rossi (Gauloises Yamaha). Ottava la Ducati Marlboro di Carlos Checa, seguita dalla Movistar Honda di Marco Melandri. Decimo Colin Edwards (Gauloises Yamaha), seguito da Alex Barros (Camel Honda), protagonista di una cadauta nel corso della sessione di qualifiche. Max Biaggi (Repsol Honda) non riesce a fare meglio del dodicesimo tempo, davanti a Oliveir Jacque (Kawasaki Racing).